Первый Факультативный протокол имеет процедурный характер и предусматривает механизм получения и рассмотрения Комитетом индивидуальных жалоб, в которых содержатся утверждения о нарушении Пакта, иными словами, о нарушении материальных прав, предусмотренных в части III, в случае необходимости, с учетом положений частей I и II. Как ясно вытекает из его названия, этот Протокол не является обязательным, однако после того, как государство - участник Пакта становится стороной Протокола, любое лицо, находящееся под юрисдикцией государства-участника, может направить письменную жалобу Комитету по правам человека (при условии соблюдения любых допустимых оговорок). Процедура подачи жалоб не ограничивается гражданами или лицами, находящимися на территории государств, и применима ко всем лицам, на которых непосредственно распространяются властные полномочия государства, осуществляемые его органами власти. Так, например, гражданин государства-участника, проживающий за рубежом, которому это государство отказало в выдаче паспорта, вправе направить жалобу Комитету.
В статьях 1, 2, 3 и 5 Протокола определены прямые и косвенные требования к приемлемости, которым должны удовлетворять жалоба до рассмотрения ее обоснованности или существа. В статье 4 Протокола изложены основные процедурные требования, относящиеся к рассмотрению жалобы. В соответствии со статьей 6 Комитет представляет Генеральной Ассамблее ежегодный доклад о своей деятельности в связи с рассмотрением жалоб, а в статьях 7-14 содержатся стандартные защитные и технические положения, касающиеся присоединения к нему, его вступления в силу, процедур уведомления, внесения поправок, денонсации и т.п. В статье 10, как и в самом Пакте, предусматривается, что Протокол без каких бы то ни было исключений также распространяется на все части федеративных государств. Статьей 12 допускается денонсация Факультативного протокола государством-участником.
Цель второго Факультативного протокола отражена в его полном названии как Протокола, "направленного на отмену смертной казни". В его единственной материальной норме, содержащейся в статье 1, прямо указывается, что ни одно лицо, находящееся под юрисдикцией государства-участника, не подвергается смертной казни, и что каждое государство-участник принимает все необходимые меры для отмены смертной казни.
Статьей 2, при соблюдении некоторых процедурных требований, допускается лишь одна оговорка, а именно оговорка о применении смертной казни в военное время после признания вины в совершении наиболее тяжких преступлений военного характера, совершенных в военное время. Статьей 6 предусмотрено, что отступление от этих положений не допускается, и в качестве материальных они применяются в качестве дополнительных положений к Пакту. Статьи 3-5 устанавливают в связи с Протоколом аналогичный порядок представления докладов и процедуры подачи жалоб, которые рассматриваются ниже в отношении Пакта, а также в отношении подачи жалоб в соответствии с первым Факультативным протоколом.
В заключительных статьях 7-11 содержатся рассмотренные выше положения, касающиеся федеративных государств, а также общепринятые договорные механизмы, относящиеся к вступлению в силу, внесению поправок и т.д.